• Ðầu Pháp chính phủ thư (1906)
• Hiện trạng vấn đề (1907)
• Hợp quần doanh sinh thuyết quốc âm tự (1907)
• Tây Hồ thi tập (tập hợp thơ làm trong nhiều năm)
• Tuồng Trưng Nữ Vương (soạn chung với Huỳnh Thúc Kháng và Phan Thúc Duyện năm 1910)
• Trung Kỳ dân biến tụng oan thủy mạt ký (1911)
• Santé thi tập (gồm hơn 200 bài thơ, soạn trong tù tại Pháp, 1915)
• Thư thất điều (thư vạch 7 tội của vua Khải Định, 1922)
• Giai nhân kỳ ngộ diễn ca (gồm hơn 7.000 câu thơ lục bát, soạn 1912-1913)
• Tỉnh quốc hồn ca I, II (phần I, làm khi ở Việt Nam (1907), phần II, làm khi sang Pháp (1922). Đây là thơ hiệu triệu, thức tỉnh đồng bào, tạo dân khí mạnh, đề cao dân quyền)
• Bức thư trả lời cho người học trò tên Ðông (1925)
• Đông Dương chính trị luận (1925)
• Đạo đức và luân lý Đông Tây (1925)
• Quân trị chủ nghĩa và Dân trị chủ nghĩa (1925)

Ngoài ra, ông còn có các bài diễn thuyết và một số thơ (không nằm trong Tây Hồ thi tập) và câu đối chữ Hán ông làm từ 1902 – 1912...